《指导意见》指出，公立医院一直执行事业单位统一的工资制度、工资政策和工资标准，对调动医务人员积极性发挥了积极作用，但现行工资制度不能完全适应改革发展形势的要求。公立医院薪酬制度改革涉及面广，政策性强，情况复杂，需要经过试点取得经验后再全面推行。先在上海、江苏、浙江、安徽、福建、湖南、重庆、四川、陕西、青海、宁夏等11个综合医改试点省份各选择3个市(州、区)，除西藏外的其他省份各选择1个公立医院综合改革试点城市进行试点。从发文之日起开展试点工作，为期1年。《指导意见》提出，按照“允许医疗卫生机构突破现行事业单位工资调控水平，允许医疗服务收入扣除成本并按规定提取各项基金后主要用于人员奖励”的要求，在现有水平基础上合理确定公立医院薪酬水平和绩效工资总量，逐步提高诊疗费、护理费、手术费等医疗服务收入在医院总收入中的比例。建立动态调整机制，稳步提高医务人员薪酬水平，调动医务人员积极性。

《指导意见》强调，公立医院严禁向科室和医务人员下达创收指标，医务人员个人薪酬不得与药品、卫生材料、检查、化验等业务收入挂钩。《指导意见》要求，推进公立医院主要负责人薪酬改革。公立医院主要负责人薪酬水平应高于本院平均薪酬水平，并与本院职工薪酬水平保持合理关系。鼓励公立医院主管部门对公立医院主要负责人探索实行年薪制。《指导意见》明确公立医院可在核定的薪酬总量内进行自主分配。医院制定绩效分配办法要向关键和紧缺岗位、高风险和高强度岗位、高层次人才、业务骨干和作出突出成绩的医务人员倾斜，向人民群众急需且专业人才短缺的专业倾斜，体现知识、技术、劳务、管理等要素的价值，避免大锅饭。《指导意见》提出，要适当提高低年资医生薪酬水平，统筹考虑编制内外人员薪酬待遇，推动公立医院编制内外人员同岗同薪同待遇。