南阳是“医圣”张仲景的故里，2016年12月被列为国家中医药综合改革试验区。南阳历届市委、市政府高度重视中医药发展，中医药整体工作水平名列全省、全国前列。2012年，南阳市在全国率先成立正处级规格的中医药管理局，13个行政编制，7个事业编制，一正两副，内设4个职能科室。全市12个县区中，全部成立了中医药管理局或中医药发展办，实现了编制、经费、业务独立，理顺了市、县中医药管理体制，全市中医药管理机构建设居全国之首。南阳市中医药发展局是南阳市在新一轮机构改革中因地制宜新设立的3个机构之一，是为了推动中医药发展、建设中医药强市而设置的。按照改革进度安排，2019年1月底前南阳市中医药发展局将正式挂牌，并完成人员转隶及职能划转等工作，2月底前印发“三定”方案。